"Sannhet til gudfryktighet" var blitt innført i Danmark\Norge ved en kongelig resolusjon. I overensstemmelse med denne katekismen til Pontoppidan skulle opplæringen i kristentroen skje. Ikke overalt ble den like vel mottatt. Den var gjenstand for adskillig diskusjon. 

Da Erik Pontoppidan ble utnevnt til biskop i Bergen, var han ikke et uskrevet blad i kirkelige kretser. 

Biskop i  Bergen 

Da kong Christian den 6. døde i 1746, endret den kirkelige profilen seg i Danmark\Norge. Det skjedde ikke en plutselig omveltning, men gradvis åpnet kirken seg mer og mer mot opplysningstidens tanker. Fredrik den 5. som .nå kom på tronen, delte ikke sin fars pietistiske sympatier. 

Erik Pontoppidan ønsket å ha et godt forhold til den nye kongen og skrev i forbindelse med tronskiftet to hyllingsskrifter. I det første som kom i 1746 tar han fram gode minner og ærer Christian den 6. for den store betydning han hadde hatt og bærer fram gode ønsker for den nye kongen. I det andre skriftet som kom året etterpå henvender han seg direkte til Kong Fredrik den 5. Han trekker linjene fram til kongen, ønsker ham til lykke med kroningen, priser hans fortjenester og fremsetter ønsker om at han må "nå opp til lykksalighetens høyeste tinder." 

Fredrik den 5. hadde ikke så stor interesse for kirken, men han ønsket å bli kvitt pietistene på en fin måte. Dette skjedde ved en viss forfremmelse. I tråd med dette må vi også se Pontoppidans utnevnelse til biskop i Bergen. Det er ingen grunn til å tro at han ble overbegeistret for denne æresbevisningen. Å reise til Bergen betydde et brudd med hans - nitidige historiske forskerarbeide. Et arbeid som han elsket høyt. Men han brøt alle broer. Etter tidens forhold hadde .han samlet seg en imponerende boksamling. Når han nå måtte dra til Bergen, solgte han omkring halvparten, ca 2500 bind. Vi forstår at det må ha vært et svært radikalt skritt for ham å ta. Det kan synes som om han legger fra seg studier, forskerarbeid og skribentvirksomhet i den forbindelse. 

ITil Bergen

Pontoppidan kom til Bergen den 8. juni 1748 og flyttet inn i bispegården. Den lå like ved domkirken. Da Pontoppidan sa ja til bispeembetet i Bergen, reserverte han seg mot å overta eventuelle økonomiske misligheter eller gjeld fra forgjengeren. En reservasjon som nok hjalp ham i starten på den nye tjenesten. 

Med stor iver og arbeidsglede kastet Pontoppidan seg over de mange oppgavene som møtte ham i bispedømmet. Her var det nok å ta fatt på. De merket snart at det var kommet en mann med stor arbeidskraft og rike administrative evner i bispestolen. Han skaffet seg overblikk over de religiøse-, sosiale- og skole- forholdene ved å sende ut omfattende spørreskjemaer. Han ville rydde av veien alle hindringer for det gode og ville ethvert onde til livs. Han rakte hånden ut til samarbeide både til prester og lærere. 

Skolen 

Pontoppidan oppdaget snart at skolen ikke holdt mål. Det var en skrikende mangel på lærere. Han foreslo derfor å opprette en skole for lærere. Han ville finne fram til bondegutter som hadde lyst til å lære. Disse skulle få et halvt års undervisning i katekismen ved et seminar. Skolen var på denne tid først og fremst en kristendomsskole. I løpet av kort tid hadde 38 gutter selv fått undervisning og hjelp til å undervise videre. Den mest prekære mangelen på lærere var dekket, forteller han. 

Han engasjerte seg i å gi latinskolen en høyere kvalitet. Han mente at forfallet var stort i den sammenheng og la bredsiden til for å rette på forholdene. Og det lyktes ham. De fikk merke at de hadde en administrerende overordnet som ville ha orden på tingene. Under kongens besøk i Bergen sommeren 1749 fikk han godkjent å bygge et seminar som han ville kalle "Seminarium Fridericianum". Han hadde selv opplegget klart for hvordan de økonomiske forholdene skulle ordnes. Dette fikk han gjennomslag for og i 1752 kunne han holde innvielsestalen. 

Visitaser 

Bergen bispedømme bestod på den tid av 48 soknekall og 7 prostier. På grunn av forholdene brukte Pontoppidan de tre sommermånedene til å reise på visitas. Allerede i 1751 hadde han besøkt alle sognene, unntatt to avsidesliggende steder, Haram og Jostedal. Han gir et detaljert bilde av forholdene ute i distriktet. Det er ikke bare lyse sider som trekkes fram. Skolen er mangelfull og mange prester har utilstrekkelige kunnskaper og er ofte henfalne til drikk. Han tilskynder prestene til å lese og drive med katekismeundervisning. Han oppdaget at det var ikke alle steder at katekismen hans var blitt tatt i bruk. Noen betalte for å slippe og bruke boken og enkelte prester tjente på det. 

Et sted var det en pike som var trolovet. Hun klaget på katekismen og sa at hun ikke kunne lære boken på under tiår. Ja, da får du også vente med å gifte deg i ti år da, svarte presten. Men da tok det ikke mer enn 8 uker å lære katekismen. 

Pontoppidan møtte også prester som imponerte ham med sin iver og dyktighet i tjenesten. Om Morten Ruus i Fjellberg skriver han at hans prekener knapt kan forbedres. Men så møtte han også det motsatte. Om Arnt Bøckmann i Skånevik heter det at det var like godt at det ikke ble preket. 

Noen av prestene hadde han mye besvær med. Det gjaldt ikke minst hans nærmeste medarbeider, stiftsprost Tidemann. De korresponderte ikke godt med hverandre og stiftsprosten motarbeidet ikke sjelden biskopen. 

Men i Jens Rennord fant han en åndelig bror. Han var sogneprest i Korskirken og var sterkt påvirket av brødrevennene. Han var en varm predikant med vekkelsens gave. Noen stor teologisk tyngde hadde han ikke og hans administrative evner var heller mangelfulle, men han brant for menneskers frelse. Pontoppidan tok han i forsvar mot dem som anklaget han.

Forfatteren 

Pontoppidan kunne ikke legge vekk pennen selv om han var kommet langt vekk fra den intellektuelle elite i København. Også fra Bergen øver han en ikke liten litterær virksomhet. Han vil nå ut med et budskap til sine medarbeidere i bispedømme, men ikke nok med det. Han beskjeftiger seg også med språklige og naturhistoriske emner. 

Han skrev fire hyrdebrev til prestene i bispedømmet. De ble gitt ut som nyttårs- hilsener, og det var hyrden som hadde sjelesørgerisk omsorg for prestene. Hyrdebrevene var derfor sjelesorg og pastoralteologi. Bak ordene banker et varmt hjerte for Guds rike. Han understreker at en prest står til ansvar både for Gud og for de menneskene han skal veilede. Presten må legge vekt på vekkelse slik at det får avgjørende betydning for menneskets liv og ferd. Stilen hans er levende og inntrengende. Bildene hans er lett forståelige. Han anbefaler den tematiske preken hvor budskapet får trenge dypt inn i sjelen. En pil trenger dypere inn enn mange knappenålsstikk. Han fremhever at forkynnelsen skal bære preg av alvor. "Morsomheter kurerer ingen synder". Men forkynnelsen skal ikke være sur, men tiltrekkende. "En fanger flere fluer med en skje full av honning enn med en tønne full av edikk". Hovedsaken er å forkynne omvendelse og syndenes forlatelse. Synderens hjerte må angripes så det merkes og forstanden må bli grundig overbevist. Mennesket må føres inn i Gud rike. Det er ikke nok at det er nær ved. "La oss huske at ikke langt fra, fortsatt er utenfor". 

Pontoppidan hadde en enestående interesse for mennesker. Han la merke til deres liv og han hørte på talen deres. Dette førte til at han allerede i 1749 gav ut en ordbok til det norske språk til hjelp for dansker. Den het "Glossarium Norvagicum". Det var helst ord som for dansker var merkelige, som han forklarte. Det er ikke filologiske studier, men observasjoner i omgangen med mennesker. Målet var å skape kommunikasjon mellom taler og tilhører, for å hjelpe prestene i deres arbeid. Den skulle tjene kirken i dens daglige liv. 

I 1752-1753 gir Pontop- pidan ut et stort tobinds verk på omkring 800 sider. Det heter: "Det første forsøk på Nordens naturlige historie." 

Ingen skal tvile på at Pontoppidan er fascinert av Norge. Men det første forsøk på beskrivelse var det ikke. Flere hadde behandlet emnet. Største delen av verket har han fått fra muntlige kilder. Han har lyttet til folk, konferert med prester og korrespondert med andre som hadde kjennskap til forholdene. Mye av det han skriver er sterkt preget av den tid det ble til i. En liten passus har fått ny aktualitet i vår tid. Han siterer Job: Fra Norden kommer gull. Det sammenholder han med Paracelsus' spådom om en gylden tid for den del av Norden som ligger mellom 60 og 70 grader. Den er ved å gå i oppfyllelse da Norge eier en rikdom av metaller, sier han. For oss i dag er det mer naturlig å tenke på det norske oljeeventyret. 

Beretningene hans har mest kultur-historisk interesse, men over alt merker vi en frisk naturglede og lyst til å fortelle om de merkelige og hemmelighetsfulle ting som naturen inneholder. Han er lite kritisk. Han er oppdagelsesreisende som med glede forteller det han observerer. Det var et friluftsarbeide ført i pennen av en mann som hadde evne til å spørre og lytte, som hadde åpne øyne og glede av det han festet til papiret. Selv om det bærer mange mangler, var det et skritt fremover i forskningens historie. 

På sine reiser kom Pontoppidan i nærkontakt med folket. Han talte med dem, var interessert i deres daglige liv, lyttet interessert da de fortalte om bjørn og rev og om havets luner. Han stod ikke høyt over dem, men var munter og gledet seg i deres selskap. 

Enda et litterært arbeid kom fra Pontoppidans hånd mens han var biskop i Bergen. Det var en avhandling til den teologiske doktorgrad som Holstein ba ham skriv. "De gradibus gloriæ coelestis pio viatori appetendis". 

Og da Dronning Louise døde i 1751 skrev han et sørgekvad til minne om henne. 

Pontoppidan var ikke glad når gudstjenestene ble svært lange. Prestene fikk pålegg om å forkorte gudstjenestene slik at det kunne være lettere for menigheten å gå til kirke. Han påla klokkeme å gi prestene en bot på en riksdaler til byens fattige dersom de talte lenger enn en time. 

Sommeren 1754 forlot Erik Pontoppidan Bergen for å vende tilbake til Danmark. Han måtte ordne opp i noen grunnløse beskyldninger mot ham. Det fikk han også rettens godkjennelse på. Da han drog fra Bergen var han .klar over at han ikke kom til å vende tilbake.